데이터분석2 [Scanpy] 설치 및 실행 1. Linux 환경에서 설치 밀 실행해 보았다.터미널에서, conda를 사용하여, Scanpy 패키지 설치conda install -c conda-forge scanpy더보기EnvironmentNotWritableError가 나타났습니다. 이는 현재 사용자가 /packages/anaconda3 경로에 대한 쓰기 권한이 없음을 의미합니다. 그래서, conda 가상환경에서 실행해보자.미리 만들어준 가상환경 활성화하고, Scanpy 패키지 설치.conda activate kim89_envconda install -c conda-forge scanpy(가상환경에서) Scanpy 설치 완료!2. Scanpy 설치 확인설치 후 터미널에서 Python 인터프리터를 실행하고 Scanpy를 불러오기python>>> i.. 2024. 12. 14. RNA 데이터 생성 과정 데이터가 만들어지는 과정 (1) 시퀀싱 과정mRNA 추출:각 세포에서 RNA를 추출하고, 이를 **역전사(reverse transcription)**를 통해 cDNA로 변환합니다.cDNA는 시퀀싱 과정에서 안정적으로 읽을 수 있도록 가공됩니다.바코드와 UMI 부여:각 세포의 RNA에는 세포 바코드와 **UMI(Unique Molecular Identifier)**가 부여됩니다.세포 바코드: 어떤 RNA가 어떤 세포에서 나온 것인지를 식별.UMI: 동일한 RNA 분자의 중복 여부를 확인.시퀀싱:시퀀싱 기계가 RNA 서열(cDNA)을 읽어들입니다. 이 데이터는 원시 FASTQ 파일 형태로 저장됩니다.(2) 바이오인포매틱스 처리리드 정렬:시퀀싱된 리드(읽힌 서열)를 **참조 유전체(reference genom.. 2024. 11. 20. 이전 1 다음
