본문 바로가기

분류 전체보기

(58)
[Scanpy] 설치 및 실행 1. Linux 환경에서 설치 밀 실행해 보았다.터미널에서, conda를 사용하여, Scanpy 패키지 설치conda install -c conda-forge scanpy더보기EnvironmentNotWritableError가 나타났습니다. 이는 현재 사용자가 /packages/anaconda3 경로에 대한 쓰기 권한이 없음을 의미합니다. 그래서, conda 가상환경에서 실행해보자.미리 만들어준 가상환경 활성화하고, Scanpy 패키지 설치.conda activate kim89_envconda install -c conda-forge scanpy(가상환경에서) Scanpy 설치 완료!2. Scanpy 설치 확인설치 후 터미널에서 Python 인터프리터를 실행하고 Scanpy를 불러오기python>>> i..
conda 가상환경 생성 및 R 실행 conda를 사용하는 이유관리자 권한 없이 설치 가능: conda는 사용자 디렉토리에서 작동하므로 서버 관리자의 권한 없이도 원하는 버전을 설치할 수 있습니다.독립된 환경: 다른 프로젝트와 충돌하지 않는 독립적인 환경을 생성할 수 있습니다.업데이트 용이: R 및 패키지를 쉽고 빠르게 최신 버전으로 업데이트할 수 있습니다.conda는 Python 패키지 관리뿐만 아니라 다양한 언어(예: R)의 환경 관리에도 사용할 수 있는 강력한 도구입니다. 1. conda 설치 및 확인conda --version 2. 가상 환경 생성conda create -n my_r_env r-base r-essentialsconda create -n kim89_env r-base r-essentials -n my_r_env: 가상 ..
[Linux] 하드 링크 vs 소프트 링크 하드 링크 (Hard Link)동일한 데이터를 가리킨다. (동일한 데이터를 공유한다.)특징 :원본을 수정하면, 링크한 파일도 수정된다.마찬가지로, 링크한 파일 수정하면, 원본에도 수정된다.원본을 삭제하더라도, 링크한 파일은 그대로 존재한다! 데이터까지 모두 존재한다.링크한 파일은 삭제해보려 하더라도 삭제되지 않는다. 원본이 존재하기에! ln {복사해올 파일/파일 경로} {새로 저장(링크)할 폴더명}ln file1.txt hardlink_file.txt소프트 링크 (Soft Link) = 씸볼릭 링크 (Symbolic Link)바로가기처럼 작동한다. (중간 링크를 생성한다.)특징 : 원본을 수정하면, 링크를 통해 링크한 파일에서 확인할 수 있다.링크한 파일에서는, 원본 파일에 접근하여 수정 가능하다. ( ..
[ORACLE] DBF 파일 삭제하기 매일... 다운로드 폴더 안에... RATINGS_DATAFILE.DBF라는 파일이 매일 생성된다...그냥 삭제 버튼 당연히 안 통한다. 1. ORACLE (오랜만에) 열어주고, 접속한다. 2. 명령어를 통해, 파일 확인.select * from dba_data_files; 3. 명령어를 통해 TABLESPACE 삭제ALTER TABLESPACE 테이블스페이스명 DROP DATAFILE '위치';ALTER TABLESPACE USER_DATA_RATINGS DROP DATAFILE 'C:\USERS\LG\DOWNLOADS\RATINGS_DATAFILE.DBF';//ORA-03261: the tablespace USER_DATA_RATINGS has only one fileDROP TABLESPACE 테이..
[ORACLE] ora28001 the password has expired password 가 일치는 하는데, 만료된 경우이다. 1. CMD 창을 먼저 열어주고 2. 관리자로 접속sqlplus "/as sysdba" 3. 새로운 비번을 입력alter user 사용자이름 identified by 새비번;alter user system identified by test;// 사용자 이름은 system이고, 새로운 비밀번호는 test로 설정 접속!*개인 환경에서 자주 비밀번호를 업데이트 해주기 번거롭다면, 패스워드 만료 기간을 없애자.alter profile default limitpassword_life_time unlimited;
Batch Effect, Batch Correction Batch정의:실험에서 동일한 조건 하에서 처리된 데이터 그룹.실험 환경(날짜, 기계, 실험자 등)이 일관된 데이터를 한 그룹으로 묶습니다.Batch Effect정의:실험 조건이 동일하지 않을 때(예: 실험 날짜, 기계, 실험자 등), 배치(batch) 간에 체계적인 차이가 발생하는 현상.생물학적 변동과 무관한 비생물학적 신호로 인해 데이터 비교가 왜곡될 수 있음.예시: 실험 날짜로 정의되는 배치실험이 1월 1일과 1월 2일에 진행되었다고 가정.샘플 ID실험 날짜유전자 1 발현값유전자 2 발현값Sample 11월 1일100200Sample 21월 1일120190Sample 31월 2일200300Sample 41월 2일220310Batch 1: 1월 1일에 처리된 샘플.Batch 2: 1월 2일에 처리된 ..
RNA 데이터 생성 과정 데이터가 만들어지는 과정 (1) 시퀀싱 과정mRNA 추출:각 세포에서 RNA를 추출하고, 이를 **역전사(reverse transcription)**를 통해 cDNA로 변환합니다.cDNA는 시퀀싱 과정에서 안정적으로 읽을 수 있도록 가공됩니다.바코드와 UMI 부여:각 세포의 RNA에는 세포 바코드와 **UMI(Unique Molecular Identifier)**가 부여됩니다.세포 바코드: 어떤 RNA가 어떤 세포에서 나온 것인지를 식별.UMI: 동일한 RNA 분자의 중복 여부를 확인.시퀀싱:시퀀싱 기계가 RNA 서열(cDNA)을 읽어들입니다. 이 데이터는 원시 FASTQ 파일 형태로 저장됩니다.(2) 바이오인포매틱스 처리리드 정렬:시퀀싱된 리드(읽힌 서열)를 **참조 유전체(reference genom..
[JAVA] String.split("x",-1); split()Java의 split() 메서드는 문자열의 마지막이 구분자("x")로 끝날 경우, 빈 문자열을 결과에 포함하지 않습니다."oxooxoxxox".split("x"); // 결과: ["o", "oo", "o", "", "o"] (마지막 빈 문자열 제외됨) 마지막 빈 문자열도 포함하도록 설정하려면, split() 메서드에 정규식과 추가 옵션을 사용하면 된다.myString.split("x", -1);-1은 결과 배열의 크기 제한을 없애고, 마지막 빈 문자열도 포함하도록 합니다. Ex 1) "oxooxoxxox"split("x", -1) 결과: ["o", "oo", "o", "", "o", ""].Ex 2) "xabcxdefxghi"split("x", -1) 결과: ["", "abc", "def",..