conda 가상환경 생성 및 R 실행

conda를 사용하는 이유

• 관리자 권한 없이 설치 가능: conda는 사용자 디렉토리에서 작동하므로 서버 관리자의 권한 없이도 원하는 버전을 설치할 수 있습니다.
• 독립된 환경: 다른 프로젝트와 충돌하지 않는 독립적인 환경을 생성할 수 있습니다.
• 업데이트 용이: R 및 패키지를 쉽고 빠르게 최신 버전으로 업데이트할 수 있습니다.

conda는 Python 패키지 관리뿐만 아니라 다양한 언어(예: R)의 환경 관리에도 사용할 수 있는 강력한 도구입니다.

 

1. conda 설치 및 확인

conda --version

 

2. 가상 환경 생성

conda create -n my_r_env r-base r-essentials
conda create -n kim89_env r-base r-essentials

 

• -n my_r_env: 가상 환경 이름을 지정합니다. 원하는 이름으로 변경 가능합니다. (ex. 나는 'kim89_env'로 설정)
• r-base: R의 기본 설치 패키지입니다.
• r-essentials: R에서 자주 사용하는 기본 패키지를 포함합니다.

Procced가 뜨면 y를 입력.

가상 환경 생성 성공

done!

친절하게(?) 가상환경을 활성활 할 때 명령어와, 종료할 때 명령어를 알려준다.

 

3. 환경 활성화

conda activate {가상환경 이름}
conda activate kim89_env

가상 환경이 활성화 됐다!

 

4. R 실행

R

5-1. 필요한 R 패키지 설치

install.packages("Seurat")

49번 Korea (Gyeongsan-si) [https]를 입력하시면 가장 가까운 한국의 CRAN 미러를 사용하여 패키지를 다운로드하게 됩니다.

ERROR: dependency ‘SeuratObject’ is not available for package ‘Seurat’

Seurat 설치를 막는 SeuratObject 에러...

이 오류는 Seurat 패키지의 종속 패키지인 **SeuratObject**가 설치되지 않아 발생한 문제입니다. 이를 해결하려면 먼저 **SeuratObject**를 설치한 후 다시 **Seurat**를 설치해야 합니다.

install.packages("SeuratObject")

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하지만, 또 마주한 다른 에러...

네임스페이스 ‘Matrix’ 1.6-1.1는 로드되었으나 >= 1.6.4가 필요합니다

SeuratObject 설치를 막는 Matrix에러...

SeuratObject 설치가 실패한 이유는 Matrix 패키지의 버전이 너무 낮기 때문입니다. Matrix 버전을 1.6.4 이상으로 업데이트해야 문제가 해결됩니다.

install.packages("Matrix")

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또 에러...

package ‘Matrix’ is not available for this version of R ‘Matrix’ version 1.7-1 is in the repositories but depends on R (>= 4.4.0) ‘Matrix’ version 1.7-1 is in the repositories but depends on R (>= 4.5)

Matrix 설치를 막는 R 버전 에러...

현재 사용 중인 R 버전에서 최신 Matrix 패키지가 지원되지 않는다는 메시지입니다. 이 문제는 주로 R 버전이 낮아서 발생합니다.

R을 최신 버전으로 업그레이드하자..

 

R 콘솔이 아닌, 터미널/쉘에서 명령어를 입력해야 한다. 

q() 로 R 콘솔에서 빠져나오자.

q()
conda install -c conda-forge r-base=4.4.1

터미널에서 R 버전 4.4.1로 업그레이드 명령어! 현재는 R 버전이 3.6.3이다.

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근데 너무 오래 걸리고... 뭔가 fail 되는 거 같아서 일단 중지했다,,

Ctrl + C로 중지..

일단 캐시를 초기화 해줬다

conda clean --all

remove? y

pip 업데이트와 conda 업데이트를 진행해줬다... (난 서버 관리자 문제로 conda 업데이트는 하지 못했다)

pip install --upgrade pip
conda update -n base -c defaults conda

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아무튼 R 설치가 안되는 에러가...

Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.

 

나의 conda version (23.1.0)과 호환되는 R 버전을 확인해보자..

conda search r-base

내가 설치하려 했던 4.4.1은 없네? 그래서 에러인가?

R 4.2.0을 설치해보자.

( 최신 버전인 4.3.1도 목록에 있지만, 만약 설치 중 의존성 문제가 발생한다면 조금 더 낮은 안정적인 버전을 선택하는 것이 좋습니다. )

conda install -c conda-forge r-base=4.2.0

여전히 안됨.

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실패,,,,

그냥 내 디렉토리에 R을 새로 설치해버리쟈,,

wget https://cran.r-project.org/src/base/R-4/R-4.4.1.tar.gz

 

다운받은 R-4.4.1.tar.gz를 압축해제 해주자.

tar -xvzf R-4.4.1.tar.gz

 

압축 해제한 디렉토리로 이동하고, 설치 경로 지정하고, 컴파일

(X11 관련 라이브러리가 누락되어 에러가 발생해서,, --with-x=no 옵션 추가했다....)

./configure --prefix=설치 경로 지정

./configure --prefix=/data/project/kim89/R-4.4.1-install --with-x=no
make
make install

install을 위한 작업이 더 이상 필요하지 않다는 메시지가 출력되었습니다. 이는 설치가 완료되었음을 의미합니다.

설치된 R 실행!!!

/data/project/kim89/R-4.4.1-install/bin/R

꺆 4.4.1 버전 설치 완료,,!!

5-2. 패키지 설치 확인 및 실행

library(Seurat)

 

6. 환경 비활성화

conda deactivate

 

+) 추가 패키지 설치

R 환경에서 자주 사용하는 패키지들을 설치하려면 conda install 명령을 사용할 수도 있습니다.

conda install -n my_r_env r-ggplot2 r-dplyr r-seurat