본문 바로가기

전체 글98

[우아한테크코스] 1주차 문자열 덧셈 계산기 STEP 0 : Application.java 프로그램의 진입점 역할을 하며, View와 Controller를 생성하고 실행합니다.package calculator;public class Application { public static void main(String[] args) { CalculatorView view = new CalculatorView(); CalculatorController controller = new CalculatorController(view); controller.processInput(); }}  STEP 1-1 : DelimiterParser.java - Model: DelimiterParser와 Calculator 클.. 2024. 10. 17.
[JAVA] JDK 21 설치, 환경 변수 설정 cmd(or 터미널) 창에서,java -version 명령어를 입력하면현재 자바 버젼은 18.0.2.1 로 확인된다. JDK 21로 변경하자1. JDK 21 다운로드https://www.oracle.com/kr/java/technologies/downloads/#jdk21-windows Download the Latest Java LTS FreeSubscribe to Java SE and get the most comprehensive Java support available, with 24/7 global access to the experts.www.oracle.com이후 설치 과정을 진행한다.2. 환경 변수 설정설정 > 시스템 > 정보 > 고급 시스템 설정 >환경 변수 >처음이라면) 새로 만들기버전.. 2024. 10. 17.
Gene set enrichment analysis (GSEA) 논문 리뷰 Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles 유전자 세트 풍부 분석: 게놈 전체 발현 프로필을 해석하기 위한 지식 기반 접근 방식https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.0506580102 Abstract •In a typical experiment, mRNA expression profiles are generated for thousands of genes from a collection of samples belonging to one of two classes, for example, tumors that are sensitiv.. 2024. 10. 11.
Gene Ontology (GO) Enrichment analysis 개념 정리 • GO는 세 가지로 구분 1.Molecular Function (MF) : 해당 유전자가 분자 수준에서 수행하는 어떤 활동/기능. Ex) 효소 촉매 작용, 물질 운반 2.Biological Process (BP): 해당 유전자가 관여하는 어떤 생물학적 과정. Ex) DNA 복구, 신호 전달 경로 3.Cellular Component (CC): 해당 유전자가 위치하는 세포 내 구조적 위치. Ex) 미토콘드리아, 세포막 • GO Enrichment analysis : 특정 유전자 리스트에서 관련된 MF, BP 또는 CC가 통계적으로 유의미하게 포함되는지 평가하는 분석 방법. • The structure of GO can be described in terms of a graph, where each GO .. 2024. 10. 10.
Pathway Enrichment analysis 개념 정리 Pathway : 단백질, 유전자, 세포 등 생체 요소간의 상호작용과 역학관계를 세밀하게 설명할 수 있는 생물학적 심층지식 Pathway분석을 위해서는 pathway 데이터베이스가 있어야 한다. 이 데이터베이스들은 실험적인 결과 및 논문을 기반으로 하여 만들어 진다. 특정한 분자들이 서로 연관관계가 있는 다른 분자와의 연결을 할 때에 데이터베이스를 기반으로 하기 때문에 이 데이터베이스의 퀄리티에 따라 pathway의 신빙성도 달라진다. 공공데이터로는 가장 많이 사용되는 KEGG pathway와 wikipathways가 있다. 또한, Reactome 데이터베이스는 전문가들이 선별한 pathway 데이터를 제공하는 유명한 공개 데이터베이스 중 하나다. https://www.incodom.k.. 2024. 10. 10.
[MAST, limma, DESeq2] 공통 DEGs 분석 # MAST, limma, DESeq2에서 추출한 DEG의 rownames (유전자 이름)을 각각 가져옵니다.degs_mast_genes 0), size = 1.5) + scale_color_manual(values = c("blue", "red")) + # 다운레귤레이션(blue), 업레귤레이션(red) theme_minimal() + labs(title = "Volcano Plot of Common DEGs", x = "Log2 (Fold Change)", y = "-log10 (Adjusted P-Value)") + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))# 업레귤레이션된 유전자up_regulated 0)# 다운레귤레이션된 .. 2024. 9. 19.

티스토리툴바