논문 및 데이터 분석 (16) 썸네일형 리스트형 [Seurat][DESeq2] DEGs 분석 # Deseq2 :# Convert the Seurat object to a DESeq2 dataset# 필요한 패키지 로드if (!requireNamespace("DESeq2", quietly = TRUE)) { install.packages("DESeq2")}library(DESeq2)# Seurat 객체에서 count 데이터 추출 (유전자 x 세포)# 데이터를 정수형으로 변환counts_data 1.5로 필터링# NA 값을 제거하고 FDR 1.5로 필터링degs_deseq2_filtered 1.5, ]# 필터링된 DEG 확인head(degs_deseq2_filtered)# 필터링된 DEG 개수 확인nrow(degs_deseq2_filtered) [Seurat] [limma] DEG 분석 # limma :# First, limma 분석을 위한 raw counts 데이터 추출counts_data 1.5인 DEG 필터링degs_limma_filtered 1.5, ]nrow(degs_limma_filtered) # 필터링된 DEG 개수 확인head(degs_limma_filtered) # 필터링된 상위 DEGs 확인 [Seurat] [MAST] DEGs 분석 #############MAST, limma, Deseq2# D26과 D54 세포에 대한 정확한 조건 설정seurat_object$stage 1.5, ]head(degs_filtered)# 필터링된 DEG 개수 확인nrow(degs_filtered) [Seurat] Single cell 분석 먼저, Seurat과 관련된 library 설치 ( Seurat 설치 에러는 아래 글 참고)https://doraemin.tistory.com/36 [Seurat] 설치 ( + R 버전 에러)Seurat 패키지 설치하기Seurat 공식 사이트의 'install' 부분의 코드 작성# Enter commands in R (or R studio, if installed)install.packages('Seurat')library(Seurat) https://satijalab.org/seurat/ Tools for Single Cell GenomicsA toolkit fodoraemin.tistory.com # Enter commands in R (or R studio, if installed)#install.. [Seurat] 설치 ( + R 버전 에러) Seurat 패키지 설치하기Seurat 공식 사이트의 'install' 부분의 코드 작성# Enter commands in R (or R studio, if installed)install.packages('Seurat')library(Seurat) https://satijalab.org/seurat/ Tools for Single Cell GenomicsA toolkit for quality control, analysis, and exploration of single cell RNA sequencing data. Seurat aims to enable users to identify and interpret sources of heterogeneity from single cell transcri.. read alignment STAR STAR 정렬기는 RNA-Seq 읽기를 참조 게놈에 정렬하는 데 널리 사용되는 도구입니다. 시드 검색 및 클러스터링, 스티칭, 스코어링이라는 2단계 접근 방식 덕분에 프로세스가 매우 효율적이고 정확합니다. 1. 시드 검색 이 단계에서 STAR는 RNA-Seq 읽기와 참조 게놈 간의 가장 긴 연속 일치를 식별합니다. 이러한 일치를 최대 매핑 가능 접두사(MMP)라고 합니다. 읽기는 "시드"라고 불리는 세그먼트로 나뉘며 STAR는 각 시드에 대해 가장 긴 정확한 일치를 찾습니다. 먼저 하나의 시드를 매핑한 다음 읽기의 다음 매핑되지 않은 부분으로 이동하여 전체 읽기가 정렬되거나 더 이상 일치할 수 없을 때까지 프로세스를 반복합니다. 읽기를 여러 개의 시드로 분해하는 이 방법은 특히 큰 게놈의 정렬 속도를 높.. SmartSeq2(Smart Sequencing Technology 2) SmartSeq2(Smart Sequencing Technology 2)는 RNA 시퀀싱 기술 중 하나로, 단일 세포 RNA 시퀀싱(single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)에서 주로 사용됩니다. 이 기술은 세포 내에서 발현되는 전체 전사체(transcriptome)를 높은 민감도로 분석할 수 있도록 개발되었습니다. mRNA 추출 및 역전사 준비:우선, 단일 세포에서 추출된 mRNA가 분석의 시작점입니다. mRNA에는 폴리(A) 꼬리가 존재하며, 이는 SmartSeq2에서 중요하게 사용됩니다.SmartSeq2는 RNA의 5' 말단에서 특수한 스위칭 메커니즘을 사용하여 전사체의 첫 번째 가닥 합성에 중요한 역할을 합니다.mRNA 조각화 (Fragmentation):mRNA는 짧은.. Transcriptome analysis based on machine learning reveals a role for autoinflammatory genes of chronic nonbacterial osteomyelitis (CNO) Materials and methodsDataset download and preprocessingOnly two eligible RNA-seq datasets (GSE133378 and GSE187429) in GEO. https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE133nnn/GSE133378/ Index of /geo/series/GSE133nnn/GSE133378 ftp.ncbi.nlm.nih.govNCBI GEO (Gene Expression Omnibus) 데이터베이스는 유전자 발현 및 기타 기능 유전체 데이터의 공개 저장소입니다. 해당 링크에서 4개의 디렉토리는 각기 다른 형식과 목적으로 데이터를 제공합니다. 각 디렉토리의 차이점은 다음과 같습니다: 1. **m.. 이전 1 2 다음
