분류 전체보기98 [Seurat][DESeq2] DEGs 분석 # Deseq2 :# Convert the Seurat object to a DESeq2 dataset# 필요한 패키지 로드if (!requireNamespace("DESeq2", quietly = TRUE)) { install.packages("DESeq2")}library(DESeq2)# Seurat 객체에서 count 데이터 추출 (유전자 x 세포)# 데이터를 정수형으로 변환counts_data 1.5로 필터링# NA 값을 제거하고 FDR 1.5로 필터링degs_deseq2_filtered 1.5, ]# 필터링된 DEG 확인head(degs_deseq2_filtered)# 필터링된 DEG 개수 확인nrow(degs_deseq2_filtered) 2024. 9. 19. [Seurat] [limma] DEG 분석 # limma :# First, limma 분석을 위한 raw counts 데이터 추출counts_data 1.5인 DEG 필터링degs_limma_filtered 1.5, ]nrow(degs_limma_filtered) # 필터링된 DEG 개수 확인head(degs_limma_filtered) # 필터링된 상위 DEGs 확인 2024. 9. 19. [Seurat] [MAST] DEGs 분석 #############MAST, limma, Deseq2# D26과 D54 세포에 대한 정확한 조건 설정seurat_object$stage 1.5, ]head(degs_filtered)# 필터링된 DEG 개수 확인nrow(degs_filtered) 2024. 9. 19. [Seurat] Single cell 분석 먼저, Seurat과 관련된 library 설치 ( Seurat 설치 에러는 아래 글 참고)https://doraemin.tistory.com/36 [Seurat] 설치 ( + R 버전 에러)Seurat 패키지 설치하기Seurat 공식 사이트의 'install' 부분의 코드 작성# Enter commands in R (or R studio, if installed)install.packages('Seurat')library(Seurat) https://satijalab.org/seurat/ Tools for Single Cell GenomicsA toolkit fodoraemin.tistory.com # Enter commands in R (or R studio, if installed)#install.. 2024. 9. 19. [Seurat] 설치 ( + R 버전 에러) Seurat 패키지 설치하기Seurat 공식 사이트의 'install' 부분의 코드 작성# Enter commands in R (or R studio, if installed)install.packages('Seurat')library(Seurat) https://satijalab.org/seurat/ Tools for Single Cell GenomicsA toolkit for quality control, analysis, and exploration of single cell RNA sequencing data. Seurat aims to enable users to identify and interpret sources of heterogeneity from single cell transcri.. 2024. 9. 18. Failed to convert value of type 'java.lang.String' to required type 'java.lang.Long'; String 값을 Long 값으로 변환하지 못했다고 에러가 뜨는데... 나 같은 경우는 type의 문제가 아니었다~ 포스트맨 실행에서, POST로 요청해 줘야 할 것을.. GET으로 요청해 버렸다.. 요청 방법 실수하지 말자~POST로 요청하니 말끔하게 해결되었다! 2024. 9. 14. 이전 1 ··· 8 9 10 11 12 13 14 ··· 17 다음
