Seurat6 conda 가상환경 생성 및 R 실행 conda를 사용하는 이유관리자 권한 없이 설치 가능: conda는 사용자 디렉토리에서 작동하므로 서버 관리자의 권한 없이도 원하는 버전을 설치할 수 있습니다.독립된 환경: 다른 프로젝트와 충돌하지 않는 독립적인 환경을 생성할 수 있습니다.업데이트 용이: R 및 패키지를 쉽고 빠르게 최신 버전으로 업데이트할 수 있습니다.conda는 Python 패키지 관리뿐만 아니라 다양한 언어(예: R)의 환경 관리에도 사용할 수 있는 강력한 도구입니다. 1. conda 설치 및 확인conda --version 2. 가상 환경 생성conda create -n my_r_env r-base r-essentialsconda create -n kim89_env r-base r-essentials -n my_r_env: 가상 .. 2024. 11. 28. [Seurat][DESeq2] DEGs 분석 # Deseq2 :# Convert the Seurat object to a DESeq2 dataset# 필요한 패키지 로드if (!requireNamespace("DESeq2", quietly = TRUE)) { install.packages("DESeq2")}library(DESeq2)# Seurat 객체에서 count 데이터 추출 (유전자 x 세포)# 데이터를 정수형으로 변환counts_data 1.5로 필터링# NA 값을 제거하고 FDR 1.5로 필터링degs_deseq2_filtered 1.5, ]# 필터링된 DEG 확인head(degs_deseq2_filtered)# 필터링된 DEG 개수 확인nrow(degs_deseq2_filtered) 2024. 9. 19. [Seurat] [limma] DEG 분석 # limma :# First, limma 분석을 위한 raw counts 데이터 추출counts_data 1.5인 DEG 필터링degs_limma_filtered 1.5, ]nrow(degs_limma_filtered) # 필터링된 DEG 개수 확인head(degs_limma_filtered) # 필터링된 상위 DEGs 확인 2024. 9. 19. [Seurat] [MAST] DEGs 분석 #############MAST, limma, Deseq2# D26과 D54 세포에 대한 정확한 조건 설정seurat_object$stage 1.5, ]head(degs_filtered)# 필터링된 DEG 개수 확인nrow(degs_filtered) 2024. 9. 19. [Seurat] Single cell 분석 먼저, Seurat과 관련된 library 설치 ( Seurat 설치 에러는 아래 글 참고)https://doraemin.tistory.com/36 [Seurat] 설치 ( + R 버전 에러)Seurat 패키지 설치하기Seurat 공식 사이트의 'install' 부분의 코드 작성# Enter commands in R (or R studio, if installed)install.packages('Seurat')library(Seurat) https://satijalab.org/seurat/ Tools for Single Cell GenomicsA toolkit fodoraemin.tistory.com # Enter commands in R (or R studio, if installed)#install.. 2024. 9. 19. [Seurat] 설치 ( + R 버전 에러) Seurat 패키지 설치하기Seurat 공식 사이트의 'install' 부분의 코드 작성# Enter commands in R (or R studio, if installed)install.packages('Seurat')library(Seurat) https://satijalab.org/seurat/ Tools for Single Cell GenomicsA toolkit for quality control, analysis, and exploration of single cell RNA sequencing data. Seurat aims to enable users to identify and interpret sources of heterogeneity from single cell transcri.. 2024. 9. 18. 이전 1 다음
