[Seurat] [MAST] DEGs 분석

#############MAST, limma, Deseq2
# D26과 D54 세포에 대한 정확한 조건 설정
seurat_object$stage <- ifelse(grepl("26D", colnames(tpm_d26_d54)), "D26", 
                              ifelse(grepl("54D", colnames(tpm_d26_d54)), "D54", NA))
# stage 메타데이터의 값을 확인
head(seurat_object$stage)
tail(seurat_object$stage)
# stage 메타데이터를 ident으로 설정
Idents(seurat_object) <- seurat_object$stage
# 현재 정체성 확인
levels(Idents(seurat_object))

# MAST를 사용한 D26 vs D54 차등 발현 유전자(DEGs) 분석
degs_mast <- FindMarkers(seurat_object, ident.1 = "D26", ident.2 = "D54", test.use = "MAST")

# MAST 결과 상위 몇 개 유전자 확인
head(degs_mast)

# FDR 보정 p-값이 0.05 미만이고 log2 폴드 변화가 절대값 1.5보다 큰 DEG 필터링
degs_filtered <- degs_mast[degs_mast$p_val_adj < 0.05 & abs(degs_mast$avg_log2FC) > 1.5, ]
head(degs_filtered)

# 필터링된 DEG 개수 확인
nrow(degs_filtered)