[Seurat] 설치 ( + R 버전 에러)

Seurat 패키지 설치하기

Seurat 공식 사이트의 'install' 부분의 코드 작성

# Enter commands in R (or R studio, if installed)
install.packages('Seurat')
library(Seurat)

 

https://satijalab.org/seurat/ 

Tools for Single Cell Genomics

 

 

< 에러 1 >

> library(Seurat) # scRNAseq
Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
 네임스페이스 ‘Matrix’ 1.4-0는 로드되었으나 >= 1.5.0가 필요합니다

1. Matrix 설치하기

install.packages("Matrix")

2. Rtools 설치하기

자신의 R version에 알맞는 RTools 설치하자.

https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/

RTools: Toolchains for building R and R packages from source on Windows

 

(자신의 R version 확인은 아래 경로를 통해, 파일 이름으로 알 수 있다.)

> .libPaths()

 

3. 다시 Matrix 설치하기

이번엔 R 버전이 오래돼서 업데이트 해야하는 에러...

install.packages("installr")
library(installr)
check.for.updates.R() # 알림창을 통해, 버전 확인 가능. # 최신 버전이면 FALSE # 업데이트해야 하면 TRUE
install.R()

 

 

+) 버전이 잘 안 바뀔 때

.libPaths() 로 확인해본 결과, 여전히 R-4.1.3 버전이다.

.libPaths("R-4.4.1버전 추가")

.libPaths() 로 확인해보면 R-4.1.3과 R-4.4.1 두 가지 버전 다 등록 되었다.

> .libPaths()
[1] "C:/Program Files/R/R-4.1.3/library"

> .libPaths("C:/Program Files/R/R-4.4.1/library")

> .libPaths()
[1] "C:/Program Files/R/R-4.4.1/library"
[2] "C:/Program Files/R/R-4.1.3/library"

 

두 가지 버전 다 등록해도, 여전히 버전 문제가 발생하여서...

C:/Program Files/R 폴더로 가서 그냥 'R-4.1.3' 폴더를 그냥 삭제했다~

'R-4.4.1' 폴더만 남겨두고 다시 R studio 실행하니 잘 됐다!

 

4. 드디어 Matrix 설치!

 

< 에러 해결 완료! >

이제 Seurat를 설치하자

# Enter commands in R (or R studio, if installed)
install.packages('Seurat')
library(Seurat)