전체 글 (58) 썸네일형 리스트형 [GitHub] 원하는 파일만 개별로 추가하는 add 및 취소하는 reset 원하는 파일만 개별로 추가하기 git add {경로 및 파일 명}$ git add src/main/java/calculator add가 잘 되었는지 확인해보면 ($ git status), 해당 경로의 파일만 add 된 것을 확인할 수 있다. 여러 파일명을 입력하려면 띄어쓰기로 구분.$ git add src/main/java/racingcar/RacingController.java src/main/java/racingcar/Application.java원하는 파일만 개별로 add 취소하기 git reset {경로 및 파일 명}$ git reset src/main/java/calculator/DelimiterParser.java add가 취소가 잘 되었는지 확인해보면 ($ git status), 해당 경로의.. [우아한테크코스] 1주차 문자열 덧셈 계산기 STEP 0 : Application.java 프로그램의 진입점 역할을 하며, View와 Controller를 생성하고 실행합니다.package calculator;public class Application { public static void main(String[] args) { CalculatorView view = new CalculatorView(); CalculatorController controller = new CalculatorController(view); controller.processInput(); }} STEP 1-1 : DelimiterParser.java - Model: DelimiterParser와 Calculator 클.. [JAVA] JDK 21 설치, 환경 변수 설정 cmd(or 터미널) 창에서,java -version 명령어를 입력하면현재 자바 버젼은 18.0.2.1 로 확인된다. JDK 21로 변경하자1. JDK 21 다운로드https://www.oracle.com/kr/java/technologies/downloads/#jdk21-windows Download the Latest Java LTS FreeSubscribe to Java SE and get the most comprehensive Java support available, with 24/7 global access to the experts.www.oracle.com이후 설치 과정을 진행한다.2. 환경 변수 설정설정 > 시스템 > 정보 > 고급 시스템 설정 >환경 변수 >처음이라면) 새로 만들기버전.. [MAST, limma, DESeq2] 공통 DEGs 분석 # MAST, limma, DESeq2에서 추출한 DEG의 rownames (유전자 이름)을 각각 가져옵니다.degs_mast_genes 0), size = 1.5) + scale_color_manual(values = c("blue", "red")) + # 다운레귤레이션(blue), 업레귤레이션(red) theme_minimal() + labs(title = "Volcano Plot of Common DEGs", x = "Log2 (Fold Change)", y = "-log10 (Adjusted P-Value)") + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))# 업레귤레이션된 유전자up_regulated 0)# 다운레귤레이션된 .. [Seurat][DESeq2] DEGs 분석 # Deseq2 :# Convert the Seurat object to a DESeq2 dataset# 필요한 패키지 로드if (!requireNamespace("DESeq2", quietly = TRUE)) { install.packages("DESeq2")}library(DESeq2)# Seurat 객체에서 count 데이터 추출 (유전자 x 세포)# 데이터를 정수형으로 변환counts_data 1.5로 필터링# NA 값을 제거하고 FDR 1.5로 필터링degs_deseq2_filtered 1.5, ]# 필터링된 DEG 확인head(degs_deseq2_filtered)# 필터링된 DEG 개수 확인nrow(degs_deseq2_filtered) [Seurat] [limma] DEG 분석 # limma :# First, limma 분석을 위한 raw counts 데이터 추출counts_data 1.5인 DEG 필터링degs_limma_filtered 1.5, ]nrow(degs_limma_filtered) # 필터링된 DEG 개수 확인head(degs_limma_filtered) # 필터링된 상위 DEGs 확인 [Seurat] [MAST] DEGs 분석 #############MAST, limma, Deseq2# D26과 D54 세포에 대한 정확한 조건 설정seurat_object$stage 1.5, ]head(degs_filtered)# 필터링된 DEG 개수 확인nrow(degs_filtered) [Seurat] Single cell 분석 먼저, Seurat과 관련된 library 설치 ( Seurat 설치 에러는 아래 글 참고)https://doraemin.tistory.com/36 [Seurat] 설치 ( + R 버전 에러)Seurat 패키지 설치하기Seurat 공식 사이트의 'install' 부분의 코드 작성# Enter commands in R (or R studio, if installed)install.packages('Seurat')library(Seurat) https://satijalab.org/seurat/ Tools for Single Cell GenomicsA toolkit fodoraemin.tistory.com # Enter commands in R (or R studio, if installed)#install.. 이전 1 2 3 4 5 6 ··· 8 다음
