dev-setup30 [PyTorch] Anaconda, PyTorch 설치 및 실행 [실습] Anaconda 실습 환경 설정https://www.anaconda.com/download Download Anaconda Distribution | AnacondaDownload Anaconda's open-source Distribution today. Discover the easiest way to perform Python/R data science and machine learning on a single machine.www.anaconda.comDownload 후 기본 설정 값으로 다운해주자. 가상 환경을 만들고 접속하자.(base) C:\Users\032> conda create -n torch_book python=3.9.0(base) C:\Users\032> conda env.. 2025. 1. 17. [Scanpy] 설치 및 실행 1. Linux 환경에서 설치 밀 실행해 보았다.터미널에서, conda를 사용하여, Scanpy 패키지 설치conda install -c conda-forge scanpy더보기EnvironmentNotWritableError가 나타났습니다. 이는 현재 사용자가 /packages/anaconda3 경로에 대한 쓰기 권한이 없음을 의미합니다. 그래서, conda 가상환경에서 실행해보자.미리 만들어준 가상환경 활성화하고, Scanpy 패키지 설치.conda activate kim89_envconda install -c conda-forge scanpy(가상환경에서) Scanpy 설치 완료!2. Scanpy 설치 확인설치 후 터미널에서 Python 인터프리터를 실행하고 Scanpy를 불러오기python>>> i.. 2024. 12. 14. conda 가상환경 생성 및 R 실행 conda를 사용하는 이유관리자 권한 없이 설치 가능: conda는 사용자 디렉토리에서 작동하므로 서버 관리자의 권한 없이도 원하는 버전을 설치할 수 있습니다.독립된 환경: 다른 프로젝트와 충돌하지 않는 독립적인 환경을 생성할 수 있습니다.업데이트 용이: R 및 패키지를 쉽고 빠르게 최신 버전으로 업데이트할 수 있습니다.conda는 Python 패키지 관리뿐만 아니라 다양한 언어(예: R)의 환경 관리에도 사용할 수 있는 강력한 도구입니다. 1. conda 설치 및 확인conda --version 2. 가상 환경 생성conda create -n my_r_env r-base r-essentialsconda create -n kim89_env r-base r-essentials -n my_r_env: 가상 .. 2024. 11. 28. [Linux] Hard Link vs. Soft Link 하드 링크 (Hard Link)동일한 데이터를 가리킨다. (동일한 데이터를 공유한다.)특징 :원본을 수정하면, 링크한 파일도 수정된다.마찬가지로, 링크한 파일 수정하면, 원본에도 수정된다.원본을 삭제하더라도, 링크한 파일은 그대로 존재한다! 데이터까지 모두 존재한다.링크한 파일은 삭제해보려 하더라도 삭제되지 않는다. 원본이 존재하기에! ln {복사해올 파일/파일 경로} {새로 저장(링크)할 폴더명}ln file1.txt hardlink_file.txt소프트 링크 (Soft Link) = 씸볼릭 링크 (Symbolic Link)바로가기처럼 작동한다. (중간 링크를 생성한다.)특징 : 원본을 수정하면, 링크를 통해 링크한 파일에서 확인할 수 있다.링크한 파일에서는, 원본 파일에 접근하여 수정 가능하다. ( .. 2024. 11. 26. Cell Ranger 설치 및 실행 STEP 0. 공식 튜토리얼이 자세히 잘 나와있다. 잘 참고하자.https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger/latest/tutorials Cell Ranger - Official 10x Genomics SupportA set of analysis pipelines that perform sample demultiplexing, barcode processing, single cell 3' and 5' gene counting, V(D)J transcript sequence assembly and annotation, and Feature Barcode analysis from single cell data.www.10xgenomics.comSTE.. 2024. 11. 7. [Seurat] 설치 ( + R 버전 에러) Seurat 패키지 설치하기Seurat 공식 사이트의 'install' 부분의 코드 작성# Enter commands in R (or R studio, if installed)install.packages('Seurat')library(Seurat) https://satijalab.org/seurat/ Tools for Single Cell GenomicsA toolkit for quality control, analysis, and exploration of single cell RNA sequencing data. Seurat aims to enable users to identify and interpret sources of heterogeneity from single cell transcri.. 2024. 9. 18. 이전 1 2 3 4 5 다음
